
Krátce po Bílé hoře byly přepadeny i Kralice. Na tvrzi/zámečku byla rozbytá okna a část inventáře tiskárny byla vyházena oknem do příkopu. Tiskárna a další vybavení tvrze řádění vojáků ale přečkalo. Karel starší ze Žerotína pak nechal tiskárnu převézt na svůj zámek do nedaleké Náměště kde byla přeci jen ve větším bezpečí. Na zámku se pak ukrývali i někteří vedoucí Jednoty bratrské včetně posledního správce kralické tiskárny B. Václava Elama, který na zámku v Náměšti zemřel v roce 1622.
Paní doktorka Vlasta Fialová o dalším dění na tvrzi píše:
Na kralické tvrzi, která v těchto nebezpečných časech dostala železné dveře a okenice, zůstala však pod ochranou páně Karlovou ještě 6 let velká knihovna Úzké rady Jednoty a Kralice mohly být také útočištěm několika bratrských duchovních až do r. 1628.
Přední místo mezi nimi zaujímal senior a někdejší správce sboru v Ivančicích B. Jiří Erastus, jemuž byl novým majitelem panství moravsko-krumlovského povolen pobyt v bratrském domě ivančickém nejdéle do velikonoc 1623, a to jen s podmínkou, že v něm nebude žádného bratrského shromáždění ani vyučování mládeže." Od té doby žil Jiří Erastus na statcích Karla z Žerotína, a to snad nejdříve v Rosicích, kam už v září 1622 byly z bratrského domu ivančického nočním časem převezeny některé jeho věci a z rozkazu pánova uloženy v zámku "do sklepový světnice".
Na podzim 1624, jak vyplývá z datování korespondence, žil už Jiří Erastus na tvrzi kralické. Tam ho snad také zastihlo předvolání císařských komisařů, kteří svolali všech 18 predikantů z Žerotínových západomoravských statků na Náměšť, a když všichni odmítli přestoupit ke katolictví, měli se do osmi dnů vystěhovat ze země. Asi 15 z nich skutečně v lednu 1625 odešlo na Slovensko, kam je dal náměšťský pán doprovodit a kde se jim postaral o první útočiště. Než v zátiší kralické tvrze se přece někteří udrželi.
Byl to vedle Jiřího Erasta zejména starý a nemocný přerovský senior Jednoty Jan Lánecký (Lanecius), kterého tu navštívil při své cestě přes Náměšť na jižní Moravu jeho bývalý chráněnec a žák Jan Amos Komenský.
PhDr. Vlasta Fialová a kolektiv: sborník Kralice 1959, str. 40 a 41
Podle současných historiků se přítomnost Komenského na tvrzi v Kralicích nedá dokázat. Jedním z důvodů může být to, že se v té době již hodně věcí muselo dělat spíše v utajení.